De bescherming van planten, dieren, natuurgebieden en houtopstanden is in Nederland geregeld in de Wet natuurbescherming en provinciaal beleid.
Alle van nature voorkomende soorten in Nederland zijn beschermd onder de Wet natuurbescherming.
Ontheffing van de Wet natuurbescherming dient voorhanden te zijn als beschermde soorten door een ontwikkeling of activiteit aangetast of verstoord worden.
Gebieden die op Europees niveau van belang zijn voor soorten of habitattypen zijn aangewezen als Natura 2000 gebieden. Deze gebieden zijn in Nederland beschermd onder de Wet natuurbescherming.
En soortmanagementsplan en een generieke ontheffing kan de uitkomst zijn voor ruimtelijke ontwikkelingen die op verschillende tijd en wijze plaatsvinden in grote gebieden.
Een toename in stikstofdepositie kan een negatief effect hebben op stikstofgevoelige habitattypen en leefgebieden. Op deze manier kunnen ontwikkelingen buiten een Natura 2000-gebied alsnog effecten hebben binnen het gebied. Sinds de uitspraak van de Raad van State in juli 2019 is de PAS onbruikbaar voor vergunningverlening ten aanzien van stikstof.